生产企业申报常见问题：
1、没有从征管系统传递过来的增值税纳税申报表。
原因：未完成纳税申报或报税刚完成时间过短。
2、退税率（？16.00）与商品码库中的（？13.00）不等。
原因：通常为退税率文库未升级。
3、申报出口商品代码（xxxxxxxx）为特别关注商品，关注级别为（1/2/3/4）级，需要加强审核。
原因：特别关注商品，申报资料需附送对应的自查表。
4、报关单（xxxxxxxxxxxxxxxxx）为非保税区运入保税区和保税区退区。
原因：出口至保税区或物流园，需附送备案清单。
5、申报商品码（xxxxxxxx）与海关数据中的（xxxxxxxxx）不等，需填报《海关出口商品代码、名称、退税率调整对应表》。
原因：如排除申报有误，则企业录入的商品编码已经改变，需要填报《海关出口商品代码、名称、退税率调整对应表》
6、总局代理证明数据中无此代理证明号（xxxxxxxxxx）。
原因：代理出口业务，代理证明尚未传递信息成功。请等待。
7、申报出口日期（xxxx/xx/xx）与海关数据中的（xxxx/xx/xx）不等。
原因：企业申报错误。请到电子口岸核实。
8、报关单号（xxxxxxxxxxxxxxx）剩余数量（xxxx）小于企业申报出口数量（xxxx），其中报关出口（xxxx)申报退税（0.0000？）代理（0.0000）退运（0.0000)。
原因：曾办理退运。
9、美元离岸价（xxxx）超过海关（xxxx），企业需提供《出口货物离岸价差异原因说明表》。
原因：企业申报错误，或者汇率差异导致离岸价差价。
10、美元离岸价（xxxx）小于海关（xxxx）。
原因：企业申报错误，或者曾办理退运，或者汇率差异导致离岸价有差额。
11、海关数据中无此报关单号（xxxxxxxxxxxxx）。
原因：该报关单无信息或企业录入错误。另外就是海关与税务部门电子信息交换的问题或者通过电子口岸重新发送数据。
12、人民币结汇业务，业务类型应为kj。
原因：该报关单为人民币结汇业务，业务类型应当选择kj（跨境）。
13、此贸易性质（3010）存在退税或不退税情况，请确认后处理。
原因：可能为不退税商品，请做内销处理。
外贸企业申报常见问题：
1、“总局发票库中不存在”。
原因有：企业取得的增值税专用发票未退税勾选、或者录入错误。或是当月的发票勾选了，税务机关尚未采集信息。
2、“非交叉稽核发票”。
原因有：企业已勾选的专用发票尚未通过稽核系统比对。
3、“开票日期与总局信息不一致”。
原因有：企业录入错误。
4、“销售方税号录入错误”。
原因：企业录入错误。
5、“发票金额、税额与总局信息不一致”这里大多都是与实际发票相差1分。
原因：企业在退税申报系统录入时，税额自动生成大于实际发票注明的税额。或者增值税专用发票号码录入重复、关联号使用重复等。
6、“企业申报数量大于总局发票数量”。
原因：企业申报数量录入错误。必须按报关单注明的第一计量单位和数量录入，至少与报关单中注明的任意一条相符。
7、“供货方为特别关注企业*级”。
原因：供货方为特别关注企业，需要进行发票函调协查。
8、审核时提示“关联号重复”。
原因：企业使用的当前申报关联号与前期重复（一般情况出现在当月申报多个批次的时），需修改。
9、换汇成本过高或过低。
原因：换汇成本过高，如果不是企业有意高开采购发票金额用于退税，可以从经营角度说明，例如与客户签订合同的时间较早，后来原材料成本持续上涨，导致工厂将价格上调等；换汇成本过低，说明该笔货物盈利水平很好，虽然申报时退税系统会自动显示，把这个当做疑点之一，但税务局那里一般是可以通过的，不必担心。